에밀리오 자신토는 1875년 12월 15일 마닐라의 트로조(Trozo)에서 태어났다. 자신토는, 아버지가 일찍 세상을 떠났기 때문에 홀어머니 밑에서 자랐다. 후에 자신토는 삼촌의 도움으로 산후안 데 레트란 단과대학에 입학했고 얼마 후 산토 토마스 대학으로 전학을 가 법학을 전공했다. 1896년에 필리핀 혁명이 시작되자 자신토는 어머니와 삼촌의 만류에도 불구하고 학업을 중단한 채 카티푸난 혁명에 가담했다.

자신토는 19세의 젊은 나이에 카티푸난의 지도층에서 활약했다. 자신토는 보니파쇼의 자문이었으며 비서였다. 자신토는 당시 카티푸난 혁명의 목적과 활동상을 국민에게 알려주는 역할을 했던 「앙 칼라얀」이라는 신문을 편집했다. 또한 그는 카티푸난 조직의 규범과 행동지침 등을 담고 있는 카티푸난 입문서인 「카르틸라」를 손수 집필했다.

이와같이 자신토는 카티푸난의 두뇌 역할을 했다고 할 수 있다. 자신토는 또한 시인이었는데, 자신토의 시 중 가장 유명한 시는 “A La Patria”라는 시로서 호세 리잘 박사의 “Mi Ultimo Adios”에서 영감을 얻어 쓴 것이다.
1899년 4월 16일 에밀리오 자신토는 라구나의 마하이하이에서 벌어진 한 전투중에 중상을 입고 24세의 젊은 나이에 세상을 떠났다.