▦ 제 2차 혁명정부

독립선언을 한 후 아귀날도는 정부를 개편했으며 아폴리나리오 마비니가 아귀날도의 새 고문이 되었다. 마비니는 아귀날도에게 독재정부를 포기하고 혁명정부를 세울것을 충고했으며 아귀날도는 슬하에 5명의 장관을 두고 혁명국회는 새 법을 제정했다.

▦ 스페인의 항복

마침내 12,000명의 아귀날도 군대에 의해 마닐라 시가 포위되었다. 듀이 장군에 의해 해로가 차단되었으므로 마닐라 시는 완전히 고립되었다. 그러는 동안 미국은 필리핀에 증원군을 보냈다. 1898년 7월 말까지 필리핀에 주둔하던 미군은 11,000여명에 달했으며, 웨슬레이 메릿 장군이 이를 지휘했다. 당시 스페인 총독이던 페르민 하우데네스는 비밀리에 미국측에 항복의사를 전달했다.
또한 스페인은, 자신들의 명예를 지키고자 미국측에 “미군이 스페인군과 한차례의 짧은 전투를 한 후 약속된 항복을 받아줄 것”을 제안했고 미국은 이를 수락했다.
양국간에 이같은 비밀협정을 체결한 이유로 필리핀군은 마닐라 시내로 들어오는 것이 저지되었다.
1898년 8월 13일 각본에 짜여진 ‘마닐라 전투'가 시작되었고 전투가 시작된지 2시간도 안되어 스페인군은 인트라무로스 성에 백기를 내걸고 항복했다.
그 다음날인 1898년 8월 14일 미국과 스페인은 항복문서에 서명했다. 겉으로 보기에는 필리핀이 혁명에서 승리한 것처럼 보였으나 사실 스페인은 미국에게 항복한 것이었지 필리핀에 항복한 것은 아니었다.

▦ 파리조약(1898)

1898년 12월 10일 스페인 대표와 미국 대표는 파리에서 만나 ‘파리조약'에 서명했다.
미-스페인 전쟁은 파리조약 체결로 공식적으로 막을 내리게 되었으나 필리핀을 미국의 식민지로 만든다는 것을 주 내용으로 하는 파리조약에 의해 필리핀과 미국은 새로운 갈등 속으로 빠져들게 된다. 의심할 여지없이 필리핀 국민은 파리조약의 내용에 대해 항의했으며, 아귀날도는 외교관을 미국에 파견하여 미국 상원이 파리조약을 승인하지 못하도록 설득했지만 허사였다.

▦ 제 1공화국과 필리핀-미국 전쟁

필리핀 제 1 공화국은 아시아 최초의 독립공화국이다.
필리핀은 미국과의 전쟁에서 패배하였기 때문에 제 1공화국의 수명은 2년에 불과하였다. 1898년 9월 15일 필리핀의 인재들이 불라칸의 말로로스에서 국회를 소집하고 헌법을 제정한 후 필리핀 제 1공화국을 수립하게 된다. 이것은 아시아인에 의한 아시아 최초의 민주공화국으로서 의미가 크다고 하겠다.

제 1공화국의 헌법을 ‘말로로스'헌법이라고 한다. 제 1공화국의 출범식은 1899년 1월 23일 말로로스에서 개최되었고 아귀날도가 제 1 공화국의 대통령으로 취임하게 된다.
그러던 중 미군과필리핀 군 사이의 사소한 총격전을 발단으로 필리핀 - 미국 전쟁이 일어나게 되고 필리핀은 미국에 대항하여 게릴라 전법 등으로 용감히 대항했으나 무기와 장비가 월등히 우세한 미국에 무릎을 꿇고 산속에 은거하던 아귀날도는 미국에 협조할 것을 동의하고 실질적으로는 미국에 항복하게 된다.

▦ 미국의 식민통치

미국의 필리핀 통치기간은 1898년부터 1946년까지이지만 이 기간중 미국-필리핀 전쟁기간(1899~1901)과 일제침략기간(1942~1945)을 빼야한다. 미국은 필리핀이 자체적으로 통치를 할 수 있게 되면 필리핀을 떠나겠다고 약속했으며 당시로서는 선택의 여지가 없었던 필리핀은 미국에 협조한다.

다행스럽게도 미국은 약속을 이행했으며, 식민통치기간 중 필리핀인들을 관대하게 대우하여 오늘날까지도 필리핀인들은 미국에 대한 적개심이 없다.

미 식민통치기간 중에 필리핀 지역개편이 이루어진다. 이 중 가장 주목할 만한 점은 민다나오와 술루가 필리핀의 영토로 편입되었다는 것. 그리고 루손, 비사야스 지역의 산악지역이 필리핀의 영토로 포함되면서 금광이 개발되었다는 것이다. 미국의 식민지 정책은 세계 식민지 통치사 중 가장 자율적인 통치를 한 사례로 간주되며 그 내면에는 다음과 같은 이유가 있다.

1) 미국은 처음부터 필리핀을 영원한 미국의 식민지로 여기지 않았으며 필리핀인들이 자체 정부를 운영할 수 있는 힘을 키우면 필리핀에서 물러나겠다고 악속함.
2) 미국은 동시대의 식민주의 국가보다 친절하고 너그러웠다. 미국은 국정에 필리핀인을 고르게 등용하였고 필리핀인들의 인권을 보호하였다. 미국은 필리핀 경제를 발전시키고 새로운 교육제도를 소개했으며 공중보건을 위해 힘썼다.
3) 필리핀 국민은 미국식 방법에 쉽게 적응하고 얼마 지나지 않아 미국식으로 말하고, 먹고, 입고 생각하게 되었다. 아시아 여러 국가는 필리핀인을 ‘갈섹의 미국인'이라고 불렀다.

미국은 필리핀을 직접 통치하기에는 거리상으로 멀리 떨어져 있어 다음과 같은 방식으로 필리핀을 통치했다.

① 군사정부
(1898년 8월 14일 - 1901년 7월 4일)
필리핀 - 미국 전쟁기간중의 미 군사정부로 미 대통령이 임명한 3명의 미군 장군에 의해 통치된다. 이 세명의 장군중에 더글러스 맥아더 장군의 아버지인 아더 맥아더 장군도 포함된다.

② 시민정부
(1901년 7월 4일 - 1902년 8월)
시민정부는 초기에 미국대통령이 임명한 시민관료에 의해 운영되었지만 후에는 필리핀 국민이 선출한 필리핀인들에 의해 운영되었다.
시민정부시대에서 주목할 만한 점은 미국이 필리핀인들을 정부 요직에 등용하여 자주적인 민주통치방법을 가르쳤다는 것이다. 이러한 형태의 실험적 식민통치는 세계 식민지 역사상 유래없는 것으로 영국, 프랑스, 독일 등의 식민주의자들은 피통치자들이 정치에 관여한느것을 허락하지 않았다.